3月12日，香港特別行政區政府發表新聞公報（港府公報），強烈反對近日歐盟委員會及歐盟外交與安全政策高級代表發表有關香港的報告的言論，并表示，絕不認同報告中對香港國安法的偏頗和無理的政治抹黑。
香港特別行政區政府公報指出，絕不認同報告中對《中華人民共和國香港特別行政區維護國家安全法》（香港國安法）的偏頗和無理的政治抹黑。國家安全屬于中央事權，每個國家都有權利和義務維護其國家安全，無論該國家是實行單一體制還是聯邦體制，國家安全立法都是由中央政府而非地方政府進行。制定具有域外效力的國家安全法律亦完全符合國際慣例，很多國家的國家安全法律亦有域外效力。歐盟對香港國安法的攻擊明顯是雙重標準。香港國安法明確規定香港特區應當依法保護居民根據基本法、《公民權利和政治權利國際公約》和《經濟、社會與文化權利的國際公約》適用于香港的有關規定享有的權利和自由。香港國安法規定的四類危害國家安全的罪行定義嚴謹，構成有關罪行的元素、刑罰、減刑因素和犯罪的其他后果已清楚訂明。奉公守法的人士不會誤墮法網。
港府公報認為，但亦必須指出，無人可凌駕于法律之上。任何行為，不論涉及行使有關權利與否，一旦牽涉暴力或違反法律，便是超越受憲制保障的界線。不論該人的背景，都要面對法律裁決。政見上的多元不等于可試圖嚴重破壞政府依法履行職能。警方作出的拘捕是基于證據和嚴格按照法律進行。必須強調，沒有人可以犯了法而不用面對法律后果。警方有法定職責維持公共安全和公共秩序。如果市民以和平合法的方式表達意見，警方根本不需要使用任何武力。警方有嚴格的武力使用指引，而有關指引與國際人權的規范和標準一致。自香港國安法落實以來，香港社會恢復穩定，國家安全在特區得到保障，市民可以繼續依法享有其基本權利和自由，經濟和民生（除疫癥原因外）可重新發展。穩定的環境對于本地及駐港外國企業的商業活動均非常重要。
港府公報指出，報告質疑中央政府是否仍然貫徹落實“一國兩制”，這是完全沒有根據的指控。香港特別行政區是中華人民共和國不可分離的部分，是一個在“一國兩制”下享有高度自治權、直轄于中央人民政府的地方行政區域。貫徹落實“一國兩制”方針切合香港市民的利益，滿足維持香港繁榮穩定的需要，以及符合國家的根本利益。中央人民政府一再表明會堅定不移地落實“一國兩制”政策。
就押后立法會換屆選舉方面，市民的健康和福祉是任何負責任政府的首要考慮。特區政府已多次強調，押后2020年立法會換屆選舉完全是基于公共衛生考慮。根據全國人民代表大會常務委員會（全國人大常委會）于2020年8月11日作出的決定，香港特區第六屆立法會繼續履行職責，不少于一年，直至第七屆立法會任期開始為止。決定并明確香港特區第七屆立法會依法產生后，任期仍為四年。
港府公報不認同報告指四名立法會議員喪失議員資格的決定“削弱香港高度自治和對基本權利和自由的保障”。全國人大常委會于2020年11月11日就關于特區立法會議員資格問題作出決定，明確了特區立法會議員，因宣揚或者支持“港獨”主張、拒絕承認國家對香港擁有并行使主權、尋求外國或者境外勢力干預香港特別行政區事務，或者具有其他作出危害國家安全等行為，不符合擁護中華人民共和國香港特別行政區基本法、效忠中華人民共和國香港特別行政區的法定要求和條件，一經依法認定，即時喪失立法會議員的資格。該決定適用于在原定于2020年9月6日舉行的香港特區第七屆立法會選舉提名期間，被香港特區依法裁定提名無效的第六屆立法會議員。原定于2020年9月6日舉行的香港特區第七屆立法會選舉，在提名期結束前被選舉主任裁定提名無效，失去參選資格的四位第六屆立法會議員，即時喪失立法會議員資格。全國人大常委會的決定是合憲、合法、合理的安排，是必要的，亦完全符合基本法的相關規定。
此外，港府公報表示，香港特別行政區的司法獨立權是基本法規定的，亦受到基本法保障。正如基本法第二條、第十九條及第八十五條所訂明，香港特別行政區享有司法權和終審權，法院獨立進行審判，不受任何干涉?；痉ǖ诰攀l亦明文說明香港特別行政區的法官和其他司法人員，應根據其本人的司法和專業才能選用。法官的憲制職責是，在行使其司法權力時，以法律為依據，別無其他考慮。法官這項職責并不會因應對政治爭議所引發的案件作出裁決，或案件涉及政治爭議而有所改變。香港特區政府強調，任何人都不應干涉根據所有可接納的證據、適用法律和《檢控守則》進行客觀分析后獨立作出的檢控決定，當中不涉及任何政治考慮?；痉ǖ诹龡l指出檢控工作由香港特別行政區律政司主管，不受任何干涉。律政司在有充分可被法院接納的證據，令案件有合理機會達致定罪的情況下，才會提出起訴。
